Методы NGS на реальном примере

23-25 сентября,  17:30

140 аудитория

миникурс

«Грубая сила в действии: путеводитель по методам на основе высокопроизводительного секвенирования и редактирования геномов (на примере изучения Notch-сигналинга в развитии Т-клеток)«

Тарас Креславский, PhD

Postdoc, Institute of Molecular Pathology (Vienna)

1

Тарас Креславский — выпускник биофака 2001 года (бакалавриат). Магистратуру провёл под руководством Prof. Dr. Peter Walden (Tumor Immunology Group, Charite,
Medical Faculty of Humboldt University, Berlin).  В 2009 получил степень PhD в Гарварде. Там же остался первый постдок в Dana-Farber Cancer Research Institute в лаборатории Prof. Harald von Boehmer.

Арсенал молекулярно-биологических методов, и так всё время росший многие годы, последние несколько лет, кажется, переживает «большой взрыв». Количество новых методов зашкаливает, а представлять принципы основных из них нужно если не для собственной работы, то хотя бы чтобы понимать чужие статьи. Два направления росли особенно бурно.

Во-первых, падение цен на секвенирование нового поколения привело к лавинообразному расширению спектра применений этой технологии. Посмотреть, что меняется в транскриптоме ваших любимых клеток после какого-то воздействия? Разобраться, где на ДНК или РНК сидит тот или иной белок? Понять, какие петли образует ДНК в ядре? Сделать multiplexed RNAi screening чтобы выяснить, какие гены важны в том или ином процессе? Всё это и многое другое теперь делается с применением высокопроизводительного секвенирования.

Во-вторых, открытие TALE и, особенно, CRISPR/Cas произвело революцию в нашей способности модифицировать геномы – как в спектре модельных организмов, чьи геномы можно теперь «редактировать», так и в скорости и удобстве работы с менее изученными объектами. Сделать мышь-knockout сразу по пяти генам за пару месяцев – фантастика? Нет, говорят, теперь можно.

«Мой основной профессиональный опыт лежит в области «клеточной» иммунологии, и все эти новомодные методы свалились на голову, как снежный ком. Некоторыми приходится пользоваться, в других нужно разобраться, чтобы понимать литературу. А чтобы разбираться было не скучно – я решил, что лучше сделать это в компании с вами, прочтя этот курс. Для того, чтобы весь рассказ не свёлся к сухому перечислению методов, я попробую «нанизать» их на реальную биологическую проблему, над которой мы работаем – изучение молекулярных механизмов, с помощью которых Notch-сигналинг запускает программу развития Т-лимфоцитов».

Программа курса

Будем благодарны за любую помощь в распространении информации (репосты Вконтактеобъявления). Большое спасибо!

Лекция состоится в Главном здании СПбГУ (Университетская наб., д. 7/9; вход с Менделеевской линии; 2 этаж). При входе необходимо предъявить паспорт или другой документ.

Реклама
Запись опубликована в рубрике Uncategorized. Добавьте в закладки постоянную ссылку.

Один комментарий на «Методы NGS на реальном примере»

  1. konst:

    и видео выложите, если можно, было бы здорово послушать.

Добавить комментарий

Заполните поля или щелкните по значку, чтобы оставить свой комментарий:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s