The Genomic Bioinformatics Survival Guide

Что такое биоинформатика? Зачем она биологам, и зачем — математикам? Что делать, если на безоблачном научном пути зоолога, клеточного биолога или эпидемиолога вдруг появляются питон, графы де Брёйна и SAMtools? Как понять; использовать; полюбить?.. и выжить 🙂

4 и 5 декабря, 17:30

140 аудитория

Николай Вяххи, Андрей Пржибельский,

СПбАУ РАН, Лаборатория алгоритмической биологии.

Николай Вяххи  — выпускник кафедры системного программирования (матмех СПбГУ). Участник команды разработчиков биоинформатических инструментов QUAST и Sibelia. Активно занимается образовательными проектами: основатель/сооснователь GameChangers, Института биоинформатики, Rosalind, Stepic.

Андрей Пржибельский — аспирант СПбАУ. Закончил бакалавриат по специальности «информатика» в политехе, и уже в магистратуре начал заниматься биоинформатикой. Выходит в команду разработчиков геномного ассемблера SPAdes, который получил высокую авторитетную оценку при сравнении с другими программами-сборщиками.

Сейчас оба наших докладчика работают в Лаборатории алгоритмической биологии, которая была открыта при СПбАУ РАН под руководством Павла Певзнера — победителя конкурса мегагрантов Правительства РФ. Главная цель, с которой мы пригласили Николая и Андрея на Биосеминары, — познакомить биологическое сообщество с возможностями биоинформатики и помочь сориентироваться так, чтобы при необходимости нестрашно было к биоинформатике подступиться. Лекции адресованы широкому кругу студентов- и учёных-биологов, которые прежде не сталкивались вплотную с биоинформатикой. Вы получите общие представления о современном состоянии этой области науки «из первых рук» — от участников молодой успешной научной группы, уже проявившей себя на мировом уровне. Те, кому уже приходилось работать в биоинформатике, тоже наверняка откроют для себя что-то новое, и смогут обсудить острые вопросы.

Более частные темы биоинформатики рассматриваются на открытых лекциях Лоаборатории им. Ф. Г. Добржанского СПбГУ.

4 декабря, среда. Николай Вяххи. Введение в биоинформатику.

Вычислительный анализ – неотъемлемая часть современных экспериментов. Лабораторная работа теперь может выполняться роботами и секвенаторами, а биологи проводят больше времени перед мониторами, используя всевозможные программы для обработки полученных результатов. По мере того, как биология приобретает черты науки о данных, возрастает потребность в адекватных методах анализа и интерпретации множества гигабайт информации, производимой в автоматизированных экспериментах. В первой лекции мы поговорим о современном положении дел в биоинформатике и об основных направлениях в этой области – куда смотреть, с чего начинать.

5 декабря, четверг. Андрей Пржибельский. Введение в севенирование нового поколения: применения и задачи.

На секвенирование и сборку генома человека ушло три миллиарда долларов и десять лет усердной работы сотен ученых в различных лабораториях. Благодаря появлению технологий NGS (next generation sequencing) секвенирование стало дешевле и доступней. В то же время особенности производимых данных и их огромные объемы поставили перед биоинформатиками множество новых алгоритмических задач. Во второй лекции речь пойдёт о наиболее популярных сегодня технологиях секвенирования, современных применениях NGS и о проблемах, которые встречаются при анализе больших объемов данных.

Просим вас помочь в распространении информации: рассказать, переслать,  развесить (объявления здесь), репосты Вконтакте . Большое спасибо!

Лекция состоится в Главном здании СПбГУ (Университетская наб., д. 7/9; вход с Менделеевской линии; 2 этаж). При входе необходимо предъявить паспорт или другой документ.

Реклама