Systems biology в СПбГУ

Скоро состоится последний мини-курс «Биосеминаров» в этом семестре. Имейте в виду, однако, что на середину и конец декабря у нас «припасены» ещё два интересных мероприятия 🙂

  

3-6 декября, 140 аудитория

Мини-курс

«Высокопроизводительный фенотипический скрининг как инструмент для системной биологии и для поиска новых лекарств»

Николай Самусик,

Институт молекулярной клеточной биологии и генетики им. Макса Планка, Германия

Николай — выпускник биофака 2007 года. Ещё во время учёбы  он  начал работать на стыке биологии и математики — в области крайне востребованной и перспективной, однако не получившей пока должного развития в России. После учёбы в Петербурге Николай продолжил профессиональный путь в Германии, и в этом году получил степень PhD.

В последние годы ведущие научные центры и фармацевтические компании всего мира прикладывают значительные усилия ко внедрению технологий высокопроизводительного скрининга (high-throughput screening). Достижения в области автоматизации лабораторных процессов сделали возможным проведение масштабных серий однотипных экспериментов, в которых клетки подвергаются воздействию различных интерферирующих РНК (siRNA) или химических препаратов, а затем окрашиваются специфическими маркерами и микроскопируются. Автоматическая обработка изображений и последующий статистический анализ позволяют выбрать те воздействия, которые дают специфический фенотип (например, изменение локализации маркера, увеличение клеточной миграции, апотоз злокачественных клеток, подавление внутриклеточной инфекции). При помощи фенотипического скрининга исследователи могут составить систематическое представление о генных сетях, регулирующих интересующие их процессы, или найти новые препараты с заданной биоактивностью путем слепого перебора химических библиотек. Последняя возможность представляет особый интерес для фармацевтических компаний, в настоящее время переживающих кризис, связанный с неэффективностью «умного» подхода к поиску новых лекарственных препаратов. Курс адресован всем, кого заинтересовала эта аннотация. Наличие знаний в клеточной биологии, генетике и математической статистике облегчит понимание материала.

Понедельник, 3 декабря, 18:00. Принципы и технологическиские основы высокопроизводительного скрининга.

В данной лекции будут рассмотрены типичные задачи, которые ставятся перед скринингом, различные типы индикаторных тестов (биохимические, клеточные, одно- и многопараметрические), типы воздействий (siRNA, shRNA, коллекции мутантов, химические библиотеки).

Вторник, 4 декабря, 17:30. Основные этапы высокопроизводительного скринининга.

В данной лекции будет дан обзор технологических платформ для скрининга и рассмотрена поэтапная структура типичного скрина: разработка индикаторного ассея, манипуляция клеточными культурами в многолуночных планшетах, автоматическая микроскопия и программный анализ изображений. Так же будет рассмотрена первичная обработка данных: нормализация, компенсация систематических ошибок.

Среда, 5 декабря, 17:30. Статистическая обработка результатов скрина, кластерный анализ и отбор воздействий, дающих специфические фенотипы.

Результатом первичной обработки скрина является таблица, где строки соответствуют воздействиям, а в столбцах записываются относительные значения фенотипических параметров, полученные при каждом из воздействий. В данной лекции будут даны необходимые основы многомерной статистики и классификации, а затем рассмотрены различные методы для выделения дискретных фенотипических классов в наборе измерений и отбора статистически значимых фенотипов.

Четверг, 6 декабря, 17:30. Биоинформатический анализ результатов скрининга, построение гипотез и их экспериментальная проверка. 

Конечным результатом любого скрина является список воздействий (нокдаунов генов или химических веществ), приводящих к желаемому биологическому эффекту. В данной лекции будут рассмотрены стратегии биоинформатического анализа и выявления тех клеточных механизмов, воздействия на которые приводят к специфическим фенотипам.

Помимо онлайн-объявлений, мы вемем напечатанные афиши, и всегда благодарны да помощь в этом (цветное объявление, printer-friendly на белом фонетаблица, где отмечаем повешенные объявления). Новостями «Биосеминаров» ещё можно делиться  ВКонтакте. Спасибо!

Все лекции этого миникурса состоятся в Главном здании СПбГУ (Университетская наб., д. 7/9; вход с Менделеевской линии; 2 этаж). При входе необходимо предъявить паспорт или другой документ.

Реклама
Запись опубликована в рубрике Uncategorized. Добавьте в закладки постоянную ссылку.

4 комментария на «Systems biology в СПбГУ»

  1. Уведомление: Болезнь Альцгеймера | Семинары выпускников БиоФака СПбГУ

  2. Денис Кравецкий:

    Дорогие друзья!
    Видео будет?

Добавить комментарий

Заполните поля или щелкните по значку, чтобы оставить свой комментарий:

Логотип WordPress.com

Для комментария используется ваша учётная запись WordPress.com. Выход / Изменить )

Фотография Twitter

Для комментария используется ваша учётная запись Twitter. Выход / Изменить )

Фотография Facebook

Для комментария используется ваша учётная запись Facebook. Выход / Изменить )

Google+ photo

Для комментария используется ваша учётная запись Google+. Выход / Изменить )

Connecting to %s